历史沿革：巴彦淖尔市农牧业科学研究所科学研究始于1933年，1959年正式挂牌成立农业科学研究所，2003年更名为农业科学院。通过2008年、2014年整合扩建为巴彦淖尔市农牧业科学研究院，2021年事业单位改革变更（更名）为巴彦淖尔市农牧业科学研究所。是巴彦淖尔市农牧局所属的公益一类事业单位，机构规格正处级。

机构设置：现有办公室、科研和成果转化科、计划财务科、机关党委、离退休人员工作科5个综合科室，粮食作物研究中心、经济作物研究中心、特色作物研究中心、植物新品种测试中心、农畜产品检测加工研究中心、园艺和植保研究中心、资源环境与可持续发展研究中心、畜牧研究中心、动物福利与饲料营养研究中心、草业和草原研究中心、农牧业机械研究中心、农业农村经济与信息研究中心12个专业研究中心。

职能职责：研究范围涵盖种植业、畜牧业、农牧业机械装备、测试检测四大领域，主要针对全市农牧业生产中存在的关键性科学技术问题开展应用基础、应用技术和技术开发研究，对粮食（小麦、玉米、大麦）、油料、瓜类、蔬菜、乳品、肉类（肉羊）、饲草料、生物质能、资源环境、农机装备等多产业中存在的关键性技术问题进行科技攻关，对科技成果熟化示范推广，服务当地农牧业生产。

科研条件：拥有固定科研示范基地2个1000余亩，科研实验大楼及其附属设施1.2万平米，大型机械、试验设备300余台/套。

创新平台：建成国家、自治区、市三级平台27个，有国家现代农业产业体系向日葵、肉羊、大麦（青稞）、西甜瓜4个综合试验站，农业农村部植物新品种测试巴彦淖尔分中心、农业农村部畜产品质量安全实验室（兰州）巴彦淖尔区域实验室、京蒙合作站巴彦淖尔市绿色农业区域工作站、（肉羊）国家级专家服务基地、内蒙古自治区农牧业科学院与巴市政府共建现代农牧业创新中心，内蒙古自治区农牧业科学院分院、国家和自治区新品种区域试验基地、内蒙古自治区区域科技成果转化中心、内蒙古自治区科技推广（小麦）专家大院、内蒙古自治区引进国外智力成果示范推广基地（小麦、肉羊）、内蒙古肉羊研发工程中心、农畜产品检测认证实验室等国家和自治区研发和服务平台，巴彦淖尔市粮食质量安全检验监测中心、肉羊技术创新中心、巴彦淖尔市科普教育基地、巴彦淖尔市“科技工作者之家”示范单位，蔬菜、小麦、控肥增效和盐碱地改良、畜牧及农畜产品检测、向日葵品种测试、燕麦种质资源遗传改良六个博士科研工作站。

组织建设：设有7个党支部（管理支部、后勤保障支部、经作支部、粮油支部、农机支部、畜牧支部、科技服务支部），共有党员119人，在职党员68人，退休党员51人。党外干部职工91人，正科7名、副科6名。副高以上职称20名，中级25名，初级17名。

人才团队：核定编制174人，离退休职工193人，在职职工157人，专业技术人员121人，其中正高职称12人，副高职称32人，具有研究生以上学历的24名。全国巾帼建功标兵1人，全国农牧民教育优秀讲师1人，自治区突出贡献专家2人，深入生产一线作出突出贡献科技人员1人，自治区“草原英才”1人，自治区劳动模范1人，内蒙古自治区政协委员1人，内蒙古最美科技工作者1人，市人大常委会委员1人，市政协委员1人，市最美科技工作者4人，河套英才9人，市级中青年突出贡献专家9人，市级学术带头人8人；草原英才团队2个，河套英才团队2个。

合作交流：与中国科学院、中国农科院、中国农业大学、内蒙古农科院、内蒙古农业大学等14家科研院校建立长期合作关系；承担了中国农科院牵头的国家基础性长期性监测点天敌等昆虫、作物种质资源、农业环境、土壤质量、畜禽养殖等观测任务。与加拿大等境外技术机构建立了长期技术合作关系，通过引智项目引进澳大利亚、加拿大等外国专家开展交流与合作。

社会服务：为推动地方特色产业发展，与兆丰河套面业有限公司、内蒙古草原宏宝食品有限公司、好联丰有机农牧业专业合作社等38家企业及合作社开展合作研究，共同研发新产品、新技术，展开成果转化合作，为我市龙头企业发展提供科技支撑，同时与企业合作建立生产基地、测试基地，为当地农牧业生产提供科技服务；

建成的农业农村部植物新品种测试（巴彦淖尔）分中心，是内蒙古、甘肃和宁夏3省区唯一一家官方DUS测试机构，也是全国向日葵测试量最大的测试机构。为全国近1/3省份150余家单位提供了向日葵、小麦、玉米等作物的DUS测试技术服务，年测试品种数量500-600份，出具报告200-300份；国家和自治区农作物新品种区域试验基地为全国开展新品种区试试验；农畜产品检测加工研究中心为社会开展土壤、肥料、种子、饲料等方面的检测服务工作，年承担送检样品7000余份。

科技成果：经过60多年的发展壮大，积累作物种质资源1万余份，累计培育或合作培育并经审（认）定、登记、品种保护农作物新品种75个，获得国家、自治区、市级科技成果奖励158项（自治区级以上成果奖励82项，市级成果奖励76项），国家专利53项(发明专利1项，实用新型专利49项，软著3项)，注册商标4个（巴彦淖尔小麦、巴单、巴蒙、众康），发布标准47项（行业标准3项，自治区地方标准41项，企业标准1项），鉴定科技成果23项，发表论文372篇（获得市级优秀论文奖54篇），著作16部。