巴彦淖尔市农牧业科学研究所是巴彦淖尔市农牧局所属的公益一类事业单位，机构规格正处级。现设有5个综合科室和12个专业研究中心，研究范围涵盖种植业、畜牧业、农牧业机械装备、检测测试、农牧业经济等领域，拥有固定科研示范基地2个1000余亩，科研实验大楼及其附属设施1.2万平米，大型机械、试验设备300余台/套。经过90多年的科学研究发展，现建成农业农村部植物新品种测试巴彦淖尔分中心、国家级专家服务基地（肉羊）等国家级平台9个，内蒙古自治区农牧业科学院巴彦淖尔分院、内蒙古自治区科技推广（小麦）专家大院等自治区创新平台9个，巴彦淖尔市粮食质量安全检验监测中心、肉羊技术创新中心等市级平台12个。

在学科建设方面，围绕自治区农牧业产业布局和巴彦淖尔市特色优势产业发展需要，研究范围涵盖小麦、玉米、大麦、向日葵、甜菜、辣椒、食用菌、特色果蔬、肉羊、骆驼、奶牛、饲草料、资源环境、农机装备、农牧业经济等方面。作为巴彦淖尔农高区重点科技支撑单位，小麦、肉羊、向日葵等研究具有良好的科研基础和学科优势。

在人才建设方面，有专业技术人员126人，其中正高职称12人，副高职称32人，具有研究生以上学历的36人。全国五一劳动奖章1人，全国巾帼建功标兵1人，全国农牧民教育优秀讲师1人，国家现代产业技术体系综合试验站站长4人，“西部之光”访问学者1人，自治区突出贡献专家2人，自治区“草原英才”1人，内蒙古最美科技工作者1人，内蒙古自治区“三八”红旗手1人，市最美科技工作者6人，河套英才9人，市级中青年突出贡献专家10人，市级学术带头人8人；草原英才团队2个，河套英才团队2个。

在科研成果方面，累计积累作物种质资源1万余份，经审（认）定、登记、品种保护农作物新品种87个，获得国家、自治区、市级科技成果奖励165项（自治区级以上成果奖励89项，市级成果奖励76项），国家专利82项(发明专利2项，实用新型专利72项，软著8项)，注册商标4个（巴彦淖尔小麦、巴单、巴蒙、众康），发布标准71项（行业标准5项，自治区地方标准58项，巴彦淖尔地方标准6项，企业标准1项，团体标准1项），发表论文409篇（获得市级以上优秀论文奖73篇），著作22部。